Der Behandlungsablauf mit Invisalign ist individuell unterschiedlich und hängt vom Ausmaß der Zahnfehlstellung ab. Die Behandlungsdauer kann dabei zwischen wenigen Monaten bei leichten Zahnfehlstellungen und bis zu zwei Jahren bei größeren, schwereren Zahnfehlstellungen liegen.
Um die Zahnfehlstellung zu korrigieren, wird zunächst anhand einer 3D-Simulation bestimmt, welche Zahnbewegungen notwendig sind, um die Zähne in die richtige Position zu führen. Die Zähne können während der Behandlung grundsätzlich nur in kleinen Millimeterbruchteilen bewegt werden, da es sonst zu Schäden an den Zähnen kommen kann. Daher wird mit den Schienen nur ganz langsam, schonend und sehr vorsichtig an den Zähnen gedrückt.
Anhand der Behandlungsplanung werden die notwendigen Schienen für den Patienten gefertigt, die er im Abstand von zwei Wochen selbstständig wechseln kann. Mit jeder dieser Schienen werden die Zähne gezielt ein kleines Stück bewegt. Oftmals werden zusätzlich auch unauffällige Attachments an den Zähnen angebracht. Die Aligner greifen dann an diesen kleinen Knöpfen und schieben die Zähne in die gewünschte Position.
Der Fortschritt der Behandlung wird etwa alle vier bis sechs Wochen in der Praxis kontrolliert. Für einen Erfolg der Behandlung müssen die Schienen täglich mindestens 22 Stunden getragen werden und sollten nur zur Zahnpflege, zum Essen und bei Bedarf zum Trinken herausgenommen werden. Ist das Behandlungsziel erreicht, wird zur Sicherung des Ergebnisses ein Retainer eingesetzt.